អគ្គនាយកដ្ឋានគយនិងរដ្ឋាករ​ត្រូវបានបង្កើតឡើង​ក្នុងសម័យសង្គមរាស្ត្រនិយម​ដោយ​ព្រះរាជក្រមលេខ ៦៦១ ចុះថ្ងៃទី២៩ ខែមិថុនា ឆ្នាំ១៩៥១។ កិច្ចដំណើរការ​របស់អគ្គនាយកដ្ឋានគយនិងរដ្ឋាករ​ត្រូវបាន​​បញ្ឈប់ពីឆ្នាំ១៩៧៥ ដល់ ឆ្នាំ១៩៧៩ ក្រោមរបប​ខ្មែរក្រហម។ អង្គភាពនេះ​ចាប់ដំណើរការ​ឡើងវិញ​នៅថ្ងៃទី១៣ ខែកក្កដា ឆ្នាំ១៩៧៩ ក្រោមឱវាទក្រសួង​ពាណិជ្ជកម្ម​។ អង្គភាពនេះត្រូវ​បានផ្ទេរទៅនៅក្រោម​ឱវាទ​ក្រសួងសេដ្ឋកិច្ចនិងហិរញ្ញវត្ថុ​ តាមរយៈអនុក្រឹត្យ​លេខ ០៦ អនក្រ ចុះថ្ងៃទី១១ ខែ​មិនា ឆ្នាំ១៩៨៨។ ទីចាត់ការគយនិងរដ្ឋាករត្រូវបានតម្លើងជាអគ្គនាយកដ្ឋានគយនិងរដ្ឋាករកម្ពុជា (អគរ) តាមរយៈអនុក្រឹត្យលេខ ១៣៤​ ចុះថ្ងៃទី១៥ ខែកញ្ញា ឆ្នាំ២០០៨។ អគរ គឺជារដ្ឋបាលសាធារណៈស្ថិតក្រោមឱវាទក្រសួងសេដ្ឋកិច្ចនិងហិរញ្ញវត្ថុ។

ចាប់តាំងពីឆ្នាំ១៩៥២​-១៩៧៥ ប្រធានគយនិងរដ្ឋាករ​ត្រូវបានជ្រើសតាំងដោយរដ្ឋាភិបាល​មាន​សមាសភាពដូចខាងក្រោម៖

ល.រ ឆ្នាំចូលកាន់តំណែង នាមឈ្មោះ កំណត់សម្គាល់
១. ឆ្នាំ១៩៥២ លោក អៀរ ស៊ីចូវ និស្សិតពាណិជ្ជកម្មមកពី​បារាំង
២. ឆ្នាំ១៩៥៤ លោក កែវ ម៉ុងគ្រី និស្សិតពាណិជ្ជកម្មមកពីបារាំង
៣. ឆ្នាំ១៩៥៦ លោក អ៊ុច សាំសែម អធិការគយ-រដ្ឋាករ
៤. ឆ្នាំ១៩៥៨ លោក កុច សាន អធិការគយ-រដ្ឋាករ
៥. ឆ្នាំ១៩៦០ លោក ញ៉ឹក នូ មន្ត្រីរាជវាំង
៦. ឆ្នាំ១៩៦២ លោក ជុំ យ៉ែម មន្ត្រីរាជវាំង
៧. ឆ្នាំ១៩៦៣ លោក ឈិន រ៉ែន អធិការគយ-រដ្ឋាករ
៨. ឆ្នាំ១៩៦៤ លោក ជុំ យ៉ែម អធិការគយ-រដ្ឋាករ
៩. ឆ្នាំ១៩៦៦ លោក ហ៊ូ ហុង មន្ត្រីរាជវាំង
១០. ឆ្នាំ១៩៦៨ លោក ជុំ យ៉ែម អធិការគយ-រដ្ឋាករ
១១. ឆ្នាំ១៩៧០ លោក សូ ខាំខូយ អធិការគយ-រដ្ឋាករ
១២. ឆ្នាំ១៩៧២ លោក ជុំ យ៉ែម អធិការគយ-រដ្ឋាករ
១៣. ឆ្នាំ១៩៧៤ លោក គិម សុន ​នាយកកិច្ចការសាធារណៈ
១៤. ឆ្នាំ១៩៧៥ លោក គង់ សាវិន អធិការគយ-រដ្ឋាករ
១៥. ឆ្នាំ១៩៧៩ -១៩៩៧ លោក ស ហូរ នាយកទីចាត់ការគយនិងរដ្ឋាករ
១៦. ឆ្នាំ១៩៩៧ -១៩៩៨ លោក អ៊ិន សារឿង នាយកទីចាត់ការគយនិងរដ្ឋាករ
១៧. ឆ្នាំ១៩៩៨ ​-២០១៤ ឯកឧត្ដមបណ្ឌិត ប៉ែន ស៊ីម៉ន ប្រតិភូរាជរដ្ឋាភិបាលទទួលបន្ទុកជាអគ្គនាយកនៃ អគរ
១៨. ខែកញ្ញា ២០១៤ – បច្ចុប្បន្ន ឯកឧត្ដមបណ្ឌិត គុណ ញឹម អគ្គនាយកនៃ អគរ

អគរ ​បានក្លាយជាសមាជិកទី ១៥៥ នៃអង្គការគយ​ពិភពលោក (World Customs Organization) នាថ្ងៃទី០៣ ខែមេសា ឆ្នាំ២០០១។